El PAE sugiere la creación de un Plan de Acción Nacional (PAN) en cada uno de los ocho países amazónicos para garantizar la ejecución de las Acciones Estratégicas a nivel nacional. El PAN será un documento alineado con las políticas, normativas y marcos legales nacionales en el amplio contexto de la Gestión Integrada de los Recursos Hídricos (GIRH) y del cambio climático. Asimismo, estará orientado hacia las metas y objetivos de los países en el marco de los principales convenios y acuerdos internacionales sobre el medio ambiente, el clima y el desarrollo sostenible, tales como los Objetivos de Desarrollo Sostenible 2015 a 2030, el Convenio de Diversidad Biológica, la Convención de las Naciones Unidas para la Lucha contra la Desertificación y la Convención de Ramsar sobre los humedales.

La mayoría de las Acciones Estratégicas del PAE están alineadas con los instrumentos y las políticas nacionales del agua. Aquellas de la Línea Estratégica de Eventos Hidroclimáticos Extremos se correlacionan con los marcos legales sobre cambio climático y adaptación en los Países Miembros, destacando los temas de monitoreo hidrometeorológico, indicadores de vulnerabilidad, sistemas de alerta temprana y gestión de riesgos, así como el fortalecimiento de las capacidades institucionales.