O PAE propõe a elaboração de um Plano de Ação Nacional (PAN) em cada um dos oito países amazônicos para assegurar a implementação das Ações Estratégicas em nível nacional. O PAN será um documento alinhado às políticas, regulamentações e estruturas jurídicas nacionais no contexto amplo da Gestão Integrada de Recursos Hídricos (GIRH) e das mudanças climáticas. Além disso, estará orientado para as metas e objetivos dos países no âmbito das principais convenções e acordos internacionais sobre meio ambiente, clima e desenvolvimento sustentável, tais como os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável de 2015 a 2030, a Convenção sobre Diversidade Biológica, a Convenção das Nações Unidas de Combate à Desertificação e a Convenção de Ramsar sobre Zonas Úmidas.

A maioria das ações estratégicas do PAE está alinhada com as políticas e instrumentos nacionais de água. As da Linha Estratégica sobre Eventos Hidroclimáticos Extremos correlacionam-se com os marcos legais sobre mudança climática e adaptação nos Países Membros, abordando questões como monitoramento hidrometeorológico, indicadores de vulnerabilidade, sistemas de alerta precoce e gestão de riscos, além de capacitação institucional.