La contaminación de agua de la Cuenca Amazónica proviene principalmente de:

• Actividades de minería ilegal/informal: a pesar de las legislaciones nacionales vigentes, las actividades de minería ilegal se han incrementado en las dos últimas décadas, lanzando, en promedio, aproximadamente 24 kg de mercurio por cada kilómetro cuadrado de área de excavación en los ríos.
• Actividades extractivas de hidrocarburos: los accidentes de contaminación ambiental ocurren básicamente en las áreas de la extracción y durante el transporte del crudo hacia las grandes refinerías de petróleo.
• Aguas residuales domésticas, comerciales e industriales: se calcula que a los ríos amazónicos llegan 1.700.000 toneladas de desechos y 600 l/s de residuos domésticos/urbanos líquidos al medio ambiente.
• Transporte fluvial: los más de 24.000 kilómetros de ríos navegables de la Cuenca Amazónica son la forma más importante de circulación y de integración de las poblaciones locales.

La agroindustria de granos (soya, arroz, girasol, sorgo y maíz) y la ganadería están expandiendo con rapidez la frontera agrícola hacia el interior de la Amazonía y constituyen el factor más importante del aumento en las tasas de deforestación, seguidas por actividades como minería a pequeña escala, aprovechamiento forestal e infraestructura. Entre los impactos ambientales y socio-económicos están las alteraciones del ciclo hidrológico y de los lechos de ríos y quebradas, y los riesgos sobre seguridad alimentaria.

La pérdida de la biodiversidad y de los ecosistemas amazónicos resulta de la destrucción del bosque, del avance de la frontera agrícola y pecuaria, del uso de fertilizantes, plaguicidas, pesticidas, de la minería legal e ilegal, de la extracción y tráfico ilícito de especies, y de la introducción de especies exóticas, entre otras. Estos procesos llevan a la disminución de la disponibilidad de agua, la pérdida de resiliencia del ecosistema y la proliferación de enfermedades, entre otros impactos ambientales y socio-económicos.

Las sequías e inundaciones son recurrentes en la Cuenca Amazónica, pero aumentaron en los últimos años debido a los efectos de la erosión y la variabilidad climática. Se han observado los efectos de La Niña en las regiones brasileñas del norte, noreste y el sur (períodos secos) y exceso de lluvia e inundaciones causadas por los efectos de El Niño.

La cantidad total de sedimentos transportada por el río Amazonas al Océano Atlántico varía entre 600 y 800 millones de toneladas por año y causa cambios importantes a los ecosistemas costeros, principalmente en Guyana y Surinam. Gran parte de este total proviene de los Andes, que están sometidos a una severa erosión.

Este proceso causa también la disminución de recursos hidrobiológicos y aumento de riesgos en la navegación, riesgos sanitarios por degradación de la calidad de aguas en ríos, canales, estuarios y desembocaduras marino-costeros.

En la mayoría de los países amazónicos la ocupación del territorio se orienta principalmente al desarrollo de grandes infraestructuras, la agroindustria y la ganadería extensiva. Las políticas responden principalmente a las exigencias del mercado nacional e internacional en detrimento de la pequeña producción local, comunitaria o familiar, causando graves conflictos sociales y la emigración de la población local hacia los grandes centros urbanos.

En los últimos cuarenta años, el proceso actual de desglaciación, que se inicia entre 1730 y 1750, ha tomado un ritmo acelerado, sin precedentes en los últimos tres siglos, con pérdidas de glaciares entre el 30 % y el 50 % de su superficie, mientras que los glaciares más vulnerables prácticamente han desaparecido.

Los principales impactos del retroceso glaciar identificados son la disminución de los recursos hídricos, la formación de nuevas lagunas, riesgos de deslizamiento de tierras y derrumbes, los cuales pueden provocar sequías prolongadas y desertificación, así como conflictos sociales.

Las grandes obras de infraestructura en la Cuenca Amazónica tienen importantes consecuencias sociales, económicas y ambientales para las poblaciones rurales y urbanas. Sus impactos directos incluyen desplazamientos humanos, cambios económicos y sociales, inundación de tierra fértil, deforestación, eliminación de la fauna, alteración del sistema hidrobiológico y de ecosistemas terrestres aledaños, navegabilidad, problemas especiales de contaminación de metano, entre otros.