As 19 Ações Estratégicas do PAE foram concebidas para mitigar ou resolver os problemas causados pelos impactos ambientais e socioeconômicos negativos na Bacia Amazônica. Para cada uma das nove questões regionais prioritárias transfronteiriças identificadas na Análise Diagnóstica Transfronteiriça (ADT), os países amazônicos definiram e consolidaram no PAE três Linhas Estratégicas de Resposta, juntamente com suas correspondentes Ações Estratégicas e um portfólio de projetos a serem implementados como iniciativas específicas. Isso é realizado com a participação de diversos atores nos níveis local, nacional, regional e internacional.

Linha de resposta estratégica nº 1:
Fortalecimento da Gestão Integrada de Recursos Hídricos (GIRH)

No âmbito da Linha de Resposta Estratégica Nº 1, destinada ao fortalecimento da Gestão Integrada de Recursos Hídricos (GIRH), serão empreendidas ações e projetos com o propósito de preparar os países para a cooperação e a interação institucional em nível regional. Cinco dos Nove Questões Transfronteiriças Regionais Prioritárias – Poluição da Água, Desmatamento, Perda de Biodiversidade, Erosão, Transporte e Sedimentação, e Mudança no Uso da Terra – evidenciam claramente a necessidade de fortalecer as instituições nacionais e a Organização do Tratado de Cooperação Amazônica (OTCA), provendo-as de infraestrutura institucional e recursos humanos adequados para criar as condições para uma GIRH eficaz em nível regional.

Linha de resposta estratégica nº 2:
Adaptação à variabilidade e às mudanças climáticas

Para lidar com duas das Nove Questões Transfronteiriças Regionais Prioritárias – Perda de Geleiras e Eventos Hidroclimáticos Extremos – que causaram enormes perdas econômicas e sociais para a população de todos os países amazônicos, a segunda Linha de Resposta Estratégica concentra-se na Adaptação à Variabilidade e Mudança Climática. Seu objetivo é fortalecer a capacidade de resposta das instituições nacionais e locais.

Linha de resposta estratégica nº 3:
Gestão do conhecimento

A terceira Linha de Resposta Estratégica, específica para a Gestão do Conhecimento, visa abordar várias questões transversais. Também responde às recomendações para promover eventos culturais, educacionais e artísticos com o objetivo de aumentar a conscientização da população amazônica sobre a importância dos recursos naturais em geral, especialmente a água, sua preservação e uso sustentável. Por fim, está incluído o apoio ao fortalecimento das estruturas institucionais e de gerenciamento.